Báo cáo nhanh của Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng chống Thiên tai, các Thành phố Đà Nẵng, tỉnh Quảng Nam, Thừa Thiên Huế đã cấm cấm tàu thuyền từ ngày 16/9, các tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Quảng Ngãi cũng đã cấm biển từ ngày 17/9.
Đến 6 giờ ngày 17/9, bộ đội biên phòng đã thông báo, kiểm đếm, hướng dẫn cho 58.345 phương tiện về bờ, tránh trú bão. Theo đó, 511 tàu hoạt động tại khu vực nguy hiểm, đang di chuyển ra khỏi khu vực bị ảnh hưởng của bão số 5.
Thực hiện Công điện số 1258/CĐ-TTg ngày 16/9/2020 của Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo UBND các tỉnh ven biển từ Thanh Hóa đến Khánh Hòa và các Bộ, ngành liên quan về tập trung ứng phó với bão số 5, các tỉnh từ Quảng Bình đến Đà Nẵng đã lên kế hoạch sơ tán hơn 295.000 hộ dân tương ứng gần 1,2 triệu người với kịch bản bão cấp 10, 11. Trong đó, Quảng Bình dự kiến sơ tán hơn 800.000 người dân. Thừa Thiên Huế dự kiến cho học sinh nghỉ học sáng 18/9. Các tỉnh sẽ tiếp tục rà soát, cập nhật phương án sơ tán dân theo diễn biến thực tế của bão.
Quân khu 4, Quân khu 5, Biên phòng duy trì trên 250.000 cán bộ chiến sĩ; gần 2.700 phương tiện các loại; Quân chủng hải quân duy trì 6 tàu trực tìm kiếm cứu nạn.
Dự báo, từ chiều 17/9 đến đêm 18/9, các tỉnh từ Hà Tĩnh đến Quảng Ngãi có mưa phổ biến từ 200 - 300mm/đợt, có nơi trên 400mm; các tỉnh Nam Trung Bộ, Bắc Tây Nguyên có mưa phổ biến 50 - 100mm/đợt.
Từ ngày 18 - 20/9, trên các sông từ Nghệ An đến Quảng Ngãi sẽ xuất hiện một đợt lũ với biên độ lũ lên ở thượng lưu từ 3 - 8m, hạ lưu từ 2 - 5m, các sông ở Thanh Hóa sẽ xuất hiện một đợt lũ với biên độ lũ lên ở thượng lưu từ 2 - 4m, hạ lưu từ 1 - 2m.
Hiện tại, khu vực từ Thanh Hóa - Thừa Thiên Huế có 49 vị trí đê điều xung yếu cần sẵn sàng phương án bảo vệ khi bão đổ bộ.