Theo báo cáo của UBND huyện Sa Thầy, nguyên nhân ban đầu có thể là do mực nước xuống thấp và gần đây có mưa nên nước đổ về hồ thủy điện lẫn bùn, nước rất đục nên có thể cá bị ngạt khí và chết do thiếu Ôxy.
Qua lấy mẫu nước phân tích, kiểm nghiệm, Trung tâm Quan trắc môi trường và Bệnh thủy sản Nam Bộ (thuộc Viện nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản II) xác định các thông số đều nằm trong giới hạn cho phép. Các thông số nước cho nuôi trồng thuỷ sản thương phẩm nước ngọt nuôi ao, nuôi lồng bè, nuôi cá ruộng và nuôi nước lạnh đều bảo đảm. Kết quả kiểm tra còn ghi nhận có sự xuất hiện của một số loài tảo như: Tảo Silic, tảo lục và tảo lam nhưng ở mật độ chưa gây hại cho vật nuôi thủy sản.
Nhằm kịp thời hỗ trợ người dân ổn định cuộc sống và khôi phục sản xuất, UBND huyện Sa Thầy đề nghị Công ty Thủy điện Ya Ly xem xét hỗ trợ một phần kinh phí cho các hộ dân có cá bị chết ổn định cuộc sống và khôi phục sản xuất. Huyện đề xuất 2 phương án là hỗ trợ người dân hơn 35.000 con cá giống, thức ăn hoặc hỗ trợ bằng tiền khoảng 2,9 tỷ đồng.
Trước đó, theo phản ánh của người dân, từ ngày 18/6, mực nước lòng hồ thủy điện Ya Ly bắt đầu xuống khoảng 1m. Đến ngày 19/6 mực nước tiếp tục xuống 2m. Đến ngày 20/6 mực nước xuống nhanh và kết hợp mưa lớn dẫn đến nước đục, cá bị sốc nước, thiếu Ôxy và ngợp nước dẫn đến cá chết.
Theo thống kê của UBND xã Ya Ly, có 4 hộ nuôi cá lồng bè, chủ yếu là cá lăng bị thiệt hại. Tổng số cá chết 25.050kg, ước thiệt hại khoảng 3,8 tỷ đồng (tạm tính giá 150.000 đồng/kg cá). Trong chiều 20/6, UBND xã Ya Ly đã kêu gọi giải cứu được khoảng 15,5 tấn cá thịt; số cá bị ươn thì các hộ gia đình bán để ủ làm phân cá với trọng lượng khoảng 7,05 tấn; số tiền thu được 250 triệu đồng. Còn lại 2,5 tấn cá bị thất thoát ra bên ngoài do bị rách lồng trong quá trình kéo bè.