Cáo trạng nêu rõ: Ông Nguyễn Thế Giang - Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường (TN&MT) tỉnh Thái Nguyên trực tiếp phụ trách Đoàn công tác về khoáng sản và môi trường. Ông Giang là Trưởng đoàn kiểm tra đột xuất việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường và khoáng sản tại Công ty Yên Phước, nhưng không trực tiếp tham gia Đoàn kiểm tra.
Ông Nguyễn Thế Giang chỉ căn cứ vào báo cáo của Công ty Yên Phước xác định Công ty khai thác 5.000 tấn than, để đưa vào kết luận kiểm tra, không chỉ đạo Đoàn kiểm tra đo đạc, giám định sản lượng than thực tế và yêu cầu phía Công ty cung cấp sổ sách, chứng từ để xác định sản lượng khoáng sản khai thác thực tế.
Ngoài các hành vi nêu trên, với vai trò là Phó Giám đốc Sở TN&MT, trực tiếp phụ trách công tác quản lý về khoáng sản và môi trường, ông Nguyễn Thế Giang không đôn đốc Phòng Khoáng sản thực hiện kiểm tra, thanh tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về lĩnh vực khoáng sản. Từ đó, không phát hiện được Công ty Yên Phước đã khai thác than không đúng với nội dung giấy phép.
Trong vụ án này, Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao xác định bị can Châu Thị Mỹ Linh (Tổng Giám đốc Công ty Yên Phước) là người chủ mưu thực hiện các hành vi. Bị can Châu Thị Mỹ Linh đã chỉ đạo Ngụy Quang Thuyên (Trợ lý của bị can Linh) khai thác, thỏa thuận, thống nhất, ký hợp đồng dịch vụ, chuyển nhượng trái pháp luật để Công ty Đông Bắc Hải Dương khai thác than trái phép tại Mỏ than Minh Tiến, với tổng khối lượng hơn 3 triệu tấn và khoáng sản đi kèm, gấp 23,4 lần tổng sản lượng được cấp phép của thời hạn 18 năm.
Bên cạnh đó, bị can Linh còn chỉ đạo nhân viên hợp thức hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ với các cơ quan chức năng để che giấu hành vi khai thác than trái phép cùng khoáng sản đi kèm. Bị can Linh cũng đồng ý với việc bán trái phép gần 3.000 kg thuốc nổ và gần 11.000 kíp cho Đỗ Văn Vĩnh và Lương Văn Tiến để khai thác trái phép, thu lợi bất chính hơn 2 tỷ đồng.
Trong vụ án này có 2 anh em Bùi Hữu Giang và Bùi Hữu Thanh cùng bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về khai thác tài nguyên” và “Mua bán trái phép hóa đơn”. Hai anh em bị can bị xác định là người tích cực trong việc tham gia góp vốn, có vai trò chủ mưu trong việc bàn bạc, thống nhất việc khai thác trái phép hơn 3 triệu tấn than và khoáng sản đi kèm, vượt quá tổng sản lượng được cấp phép.