Theo dự kiến, môn bóng đá nam SEA Games 31 sẽ bốc thăm, chia bảng vào ngày 6/4 tại Hà Nội, 10 đội bóng tham dự sẽ chia thành 2 bàng, thi đấu vòng tròn 1 lượt chọn 2 đội nhất, nhì mỗi bảng vào bán kết.
Với việc Ban tổ chức căn cứ thành tích tại 2 kỳ SEA Games gần nhất nên tuyển U23 Việt Nam – nhà ĐKVĐ SEA Games 30 năm 2019 và U23 Thái Lan – nhà vô địch SEA Games 29 năm 2017 được xếp vào nhóm hạt giống số 1. Điều này đồng nghĩa U23 Vệt Nam và U23 Thái Lan sẽ không nằm chung bảng, cả hai được cho là có cơ hội gặp nhau ở trận chung kết nếu cùng vượt qua vòng bảng và bán kết (trường hợp không gặp nhau).
Cũng theo cách phân chia nhóm hạt giống của Ban tổ chức, nhóm 2 sẽ có U23 Indonesia - U23 Malaysia do mỗi đội 1 lần hạng nhì ở 2 kỳ SEA Games gần nhất, nhóm 3 gồm U23 Myanmar và U23 Campuchia, nhóm 4 có U23 Philippines và U23 Singapore, trong khi nhóm 5 là U23 Lào và U23 Timor Leste.
Được biết, bảng A môn bóng đá nam SEA Games 31 sẽ được tổ chức tại sân Việt Trì (Phú Thọ), còn bảng B sẽ diễn ra trên sân Thiên Trường (Nam Định). Các trận đấu vòng sẽ khởi tranh từ ngày 6 đến 16/5. Vòng bán kết diễn ra trong ngày 19/5, trận chung kết và tranh hạng ba sẽ diễn ra trong ngày 22/5 trên sân Mỹ Đình.