Trung tâm đặt trụ sở tại UBND tỉnh làm việc theo chế độ 24/24 để tiếp nhận, xử lý thông tin cũng như điều hành 8 tiểu ban giúp việc, gồm: Tiểu ban Điều trị; Tiểu ban Truy vết, lấy mẫu, xét nghiệm và an ninh trật tự xã hội; Tiểu ban Cách ly; Tiểu ban Thông tin, tuyên truyền; Tiểu ban Tài chính và hậu cần; Tiểu ban An sinh xã hội; Tiểu ban Sản xuất và lưu thông hàng hóa; Tiểu ban Vắc xin COVID-19. Trung tâm chỉ huy và Tiểu ban giúp việc tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ.
Đây được xem như hành động khẩn cấp của tỉnh An Giang trước diễn biến phức tạp của dich COVID -19 trên địa bàn. Cụ thể, theo Ban chỉ đạo phòng chống COVID-19 tỉnh An Giang, tính đến 6h ngày 21/9, toàn tỉnh có 3.840 trường hợp nhiễm COVID-19. Trong đó số ca mắc cộng đồng là 1.547. Đến nay đã có 33 trường hợp tử vong liên quan đến dịch COVID-19.