Theo dự thảo, nguồn kinh phí gồm: Nguồn ngân sách nhà nước và nguồn kinh phí khác theo quy định của pháp luật (nếu có).
Ngân sách Trung ương bảo đảm kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương. Kinh phí được bố trí trong dự toán chi thường xuyên hằng năm của Văn phòng Trung ương Đảng (phân bổ qua Ban Nội chính Trung ương). Ban Nội chính Trung ương có trách nhiệm trực tiếp chi tiêu và bảo đảm các điều kiện, tài sản chuyên dùng phục vụ cho hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương.
Ngân sách địa phương bảo đảm kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo cấp tỉnh. Kinh phí được bố trí trong dự toán chi thường xuyên hằng năm của Văn phòng Tỉnh ủy, Thành ủy (phân bổ qua Ban Nội chính Tỉnh ủy, Thành ủy). Văn phòng Tỉnh ủy, Thành ủy có trách nhiệm trực tiếp chi tiêu và bảo đảm các điều kiện, tài sản chuyên dùng phục vụ cho hoạt động của Ban Chỉ đạo cấp tỉnh.
Ngoài ra, dự thảo Thông tư cũng quy định về mức chi. Trong đó, dự thảo Thông tư cũng quy định, chi mua tin tối đa 50 triệu đồng/tin. Căn cứ nội dung, tính chất của tin được cung cấp, Phó Trưởng Ban Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương quyết định mức chi đối với từng trường hợp cụ thể; trường hợp đặc biệt, Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương báo cáo tập thể Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương xem xét, quyết định. Việc quản lý, sử dụng kinh phí mua tin theo chế độ mật.